Nhà tổ: Phía sau Tam Bảo là Nhà tổ, có diện tích 450m2 bao gồm 3 gian tiền đường, 1 gian hậu cung.

Bên trong Nhà tổ thờ 9 pho tượng Phật bằng đồng.
Thông thường, Nhà tổ tại các chùa chỉ đặt tượng Sư Tổ Đạt Ma và tượng các vị tổ của chùa (các đời trụ trì).

Tuy nhiên, ở Bảo Hải Linh Thông Tự, bên cạnh tượng Sư Tổ Đạt Ma còn có tượng Tam Tổ Trúc Lâm, Tam Tổ Mật Tông và Đức Quốc Tổ Lạc Long Quân. Riêng tượng Đức Quốc Tổ Lạc Long Quân được tạo tác theo nguyên mẫu ở Đền Hùng, với kích thước lớn hơn.

Lý do là bởi, không dừng lại ở quy mô một công trình kiến trúc tâm linh cấp địa phương, Bảo Hải Linh Thông Tự được kiến tạo để làm nên một điểm đến trải nghiệm không gian kiến trúc tâm linh đặc sắc cho du khách thập phương.

Do vậy, việc đưa thêm 6 pho tượng Tam tổ Trúc Lâm và Tam tổ Mật tông vào gian thờ Tổ là việc làm ý nghĩa để du khách thập phương có dịp trải nghiệm sâu sắc văn hóa Phật giáo.
Phía trước Nhà tổ là một hồ sen rộng, giữa hồ đặt Tượng Quan Âm Tự Tại (Công chúa Ba), được chép theo nguyên mẫu tượng ở động Thiên Trù, chùa Hương.